Een schimmelaantasting ontstaat als het funderingshout boven het grondwaterniveau komt te staan. Voor een schimmelaantasting is zuurstof nodig. In de bovenste 10 centimeter van het grondwater kan voldoende zuurstof aanwezig om de schimmels te activeren. Bij droogstand maar ook bij periodieke droogstand kan het funderingshout in 10 tot 20 jaar tijd ernstig worden aangetast. Een gunstige grondwaterdekking op het funderingshout is minimaal 20 centimeter.
Droogstand van het funderingshout kan ontstaan door grondwateronttrekking veroorzaakt door een lek riool maar ook grote bomen kunnen de grondwaterstand plaatselijk sterk verlagen.
Hout aantastende schimmels kunnen worden onderverdeeld in drie hoofdgroepen, te weten bruinrot, witrot, softrot. Blauwschimmels kunnen ook voorkomen in de houten funderingspalen maar hierdoor neemt het draagvermogen niet af. Lokale omstandigheden als het houtvochtgehalte en de beschikbare zuurstof bepalen in belangrijke mate welke schimmel actief is. Bij houten paalfunderingen zijn vooral soft rotschimmels verantwoordelijk voor de aantasting van het hout. De beschikbare hoeveelheid zuurstof is meestal niet voldoende om bruinrot en witrot te laten domineren. De aantastingssnelheid van softrot in grenen kernhout en vuren spint/kernhout zijn nagenoeg gelijk. Grenen spint is iets gevoeliger door een grotere doorlaatbaarheid (houtstructuur). De aantasting door softrot verloopt vele male sneller dan aantasting door bacteriën. Het aantastingsproces van schimmels stopt in principe wanneer het funderingshout voldoende grondwaterdekking heeft. Als weer zuurstof beschikbaar komt door een dalende grondwaterstand, gaat het aantastingsproces weer verder.